L'IGEBU est sous le Ministere de l'Eau,de l'Evironment,de l'Amenagement du Territoire et de l'Urbanisme.

L'IGEBU  a deux Departements dont  le Departement de la cartographie  et de l'Hydrometeorologie et Agrometeorologie.

-Le Departement de la cartographie  a trois services:Geodesie et nivellement,cartographie;photogrametrie et Documentation.

-Le Departement de  l'Hydrometeorologie et de l'Agrometeorologie a 3 services:

            .Hydrologie

             .Agrometeorologie

             .Centre de traitement  informatique

             .AMNA(Assistance meteorologique  a  la navigation aerienne.