Le CNDIDR est aujourd’hui confronté à plusieurs difficultés parmi lesquelles on peut citer :
- le manque d’assistance technique et financière ;
- la vétusté du bâtiment et la mauvaise étanchéité de la toiture occasionnent un fort taux d’humidité dans les locaux ;
- l’insuffisance d’équipements pour le bon fonctionnement du service ;
- l’insuffisance de formation du personnel aux sciences de l’information et aux Nouvelles Technologies de l’Information et de la Communication (NTIC) ;
- le manque de moyen de mise en œuvre d’une stratégie cohérente de gestion de la documentation, de l’information et de la communication au niveau du Développement Rural ;
- la baisse des échanges d’information avec les systèmes d’informations et organismes de recherches ;
- le manque de moyens de déplacement pour la collecte de l’information ez son acheminement vers le Centre ;
- la faiblesse de motivation du personnel.